Le microbiote idéal n’existe pas chez le poulet!

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Dans le vocabulaire commun, le microbiote est assimilé au microbiote intestinal, certainement parce qu’il est plus étudié et connu que ses cousins de la peau, des poumons… Mais aussi parce qu’il est impliqué dans de plus nombreux troubles de la santé, digestive ou comportementale, que les autres.

microbiote

Le microbiote intestinal : un sujet chez toutes les espèces !

Connu depuis plus d’un siècle, il n’est réellement étudié que depuis les années 1970 et le nombre de publications sur le sujet augmente chaque année. Celui de l’Homme est le plus connu et parmi les espèces animales ce sont ceux de la souris et du porc qui ont été les plus décortiqués. Le poulet n’est toutefois pas en reste. Il a ses propres spécificités et pathologies. Les nouvelles techniques basées sur la génétique, donne un nouveau regard et une plus grande finesse d’analyse de la complexité de ce milieu.

Le cas du poulet

Le métagénome (ensemble des génomes des micro-organismes constituant le microbiote) du poulet est en cours de construction par l’INRA-ITAVI, sous le nom de projet Metachick. Chez le poulet, les microbiotes les plus étudiés sont ceux des caeca, du jabot et de l’intestin grêle mais c’est au niveau des caeca que celui-ci est présent en plus grande quantité. Il représente 1012 bactéries/g de contenu caecal et une grande diversité (750 espèces différentes définies par leur taux de similarité d’ADN 16S).

 

Quels sont les facteurs ayant un impact sur le microbiote ?

De nombreux facteurs peuvent influencer sa composition :

  • Les caractéristiques de l’hôte : âge, souche, sexe, facteurs maternels
  • L’environnement : alimentation, hygiène, température, type de litière, localisation, traitement médical, méthode d’élevage.

Quelle sont ses fonctions ?

Le microbiote intestinal interagit avec l’hôte et il a plusieurs fonctions :

  • L’échange de nutriments: les bactéries de la flore intestinale sont capables d’hydrolyser les polysaccharides en sucres primaires. Ces sucres sont fermentés pour produire des acides gras à chaine courte comme le propionate, le butyrate ou encore l’acétate. Ces acides gras sont utilisés par le poulet comme source de carbone et d’énergie. A l’inverse, les cellules intestinales sont une source importante d’azote et d’énergie pour les bactéries de la flore.
  • Une fonction de barrière contre les pathogènes: elle se met en place sous forme d’exclusion compétitive où deux espèces bactériennes sont intéressées par une même niche écologique. La flore intestinale entre en concurrence avec les bactéries pathogènes et réduit leur adhésion et colonisation intestinale.
  • La modulation du système immunitaire: il a la capacité de stimuler le développement du système immunitaire incluant la couche de mucus, la couche épithéliale ou encore les cellules immunitaires intestinales (cellules T-helper, cellules productrices d’immunoglobulines, cellules phagocytaires).
  • Un effet sur la fonction digestive de l’hôte: via la production d’acides gras à chaine courte, il augmente la prolifération et la croissance des entérocytes de l’hôte.

Agir sur le microbiote du poulet : utopie ou réelle utilité ?

Le poulet n’a pas microbiote idéal

Il n’y a pas de microbiote type ou « sain » défini à ce jour. Un diagnostic à partir d’une analyse de microbiote reste hors de portée aujourd’hui. On considère plutôt que c’est une question d’équilibre à atteindre. La preuve en est qu’en comparant les articles de la littérature on observe chez les poulets « contrôle » des répartitions différentes des phyla, familles et genres bactériens. Certaines études montrent par exemple que les Proteobacteria font partis des phyla majoritaires alors que dans d’autres ce sont les Bacteroidetes qui sont prépondérants (Wei et al. -2013 vs Hankel et al. -2019).*

La dysbiose

En médecine, lorsqu’il n’y a plus d’équilibre ou que certaines bactéries pathogènes deviennent majoritaires on parle de dysbiose. Chez le poulet, il est difficile d’employer ce terme puisqu’on ne connait pas sa composition normale. On sait en revanche que certains pathogènes peuvent devenir majoritaires dans certaines conditions, c’est le cas de Campylobacter jejuni et Campylobacter coli, Salmonella enterica, Escherichia coli ou encore Clostridium perfringens.

Contrôler la flore pathogène

En élevage, on utilise plusieurs alternatives aux antibiotiques pour contrôler ces pathogènes intestinaux: les prébiotiques, les probiotiques, les acides organiques, les huiles essentielles et extraits de plantes. Agir sur la flore pathogène avec ces outils aura toujours une portée limitée. Les posologies pour réduire une flore sont hors de portée, imaginer rééquilibrer une flore en ajoutant 1 à 10 micro-organismes reste illusoire. En revanche cette panoplie d’additifs peut permettre d’apporter soit une aide au rééquilibrage de cette flore, soit de la prévention. Et pour les élevages modernes, la prévention doit rester le maitre mot.

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